1、1993年获得第四届全国高校霍英东教育基金会青年教师3等奖；
2、1994年获得内蒙古自治区有突出贡献中青年专家称号；
3、1995年获得国务院颁布的政府特殊津贴；
4、1998年入选内蒙古自治区“321”人才工程第一层次（30人）；
5、1998年获得宝钢教育基金会优秀教师奖；
6、2000年被评为教育部“跨世纪人才”；
7、2003年被评为第六届清华大学“良师益友”；
8、2005年被评为第八届清华大学“良师益友”。
9、1997年．人与自然．生态•科技•文化•社会（学术专著）．获内蒙古自治区社会科学优秀成果2等奖。
10、1997年．吴彤．自然辩证法课程教学与研究．获得内蒙古大学优秀教学成果1等奖、内蒙古自治区高校教学成果2等奖。
11、1998年．生长的旋律——科学的自组织演化．获国家教委人文社会科学优秀成果2等奖、获国家首届社会科学基金优秀成果3等奖。
12、1989年中国哲学年鉴．“论文选介”。 获得内蒙古自治区自然科学优秀论文2等奖。
13、吴彤．中国古代正统史观中的“科技”,内蒙古师大学报．1990年第4期。获得香港林大芽先生在内蒙古大学设立的“中国古籍数学化研究奖”1等奖，收入古籍数学化研究论文集．内蒙古大学出版社1994年版。
14、关于自然辩证法教学改革的断想．高等教育研究．（内蒙古大学）1987年第2期。获得内蒙古大学首届高等教育研究优秀成果2等奖